Ezio en Roma. Retomamos las peripecias de Desmond Miles y Ezio Auditore inmediatamente después de lo acontecido al final de “Assassin’s Creed II”. El conflicto con los Borgia no ha sido resuelto, y la decisión de dejar con vida a su principal enemigo, Rodrigo Borgia, traerá nefastas consecuencias para los Auditore y sus aliados. Poco después de su llegada a Villa Monteriggioni, creyéndose a salvo, Ezio tendrá que enfrentarse a un brutal ataque por parte de los Borgia. En el asalto es asesinado su tío Mario Auditore y el Fruto del Edén resulta robado. Los Auditore deben huir...