Relevo generacional. Tras la odisea que supuso recuperar su provisión de plátanos, Donkey Kong se ha ganado unas merecidas vacaciones. El gorila reposa su culo peludo en una soleada playa de la isla Kong, cuando es sorprendido por un extraño avión (The Flying Krock) que sobrevuela la zona con intenciones nada amistosas. Del aparato comienzan a descender los infames secuaces del Kaptain K. Rool, los kremlings, que secuestran al bueno de Donkey y se lo llevan preso a la más alta cumbre de la isla Cocodrilo. Cuando Diddy Kong llega a la playa, se encuentra una nota de...

  Abundante ración de bananas. El malvado King K. Rool ha robado la reserva de plátanos de los Kong. Donkey y Diddy toman la determinación de ir tras él para recuperar la preciada fruta. A través de toda la Donkey Kong Island, se enfrentarán a innumerables peligros y multitud de enemigos (los belicosos Kremlings), siempre con la inestimable ayuda de los demás miembros del clan Kong (Candy Kong, Funky Kong y Cranky Kong, abuelo de Donkey que, al parecer, peleó con Mario en sus años mozos) y la de sus aliados del reino animal (Enguarde, Expresso, Rambi y Winky)....