La ciudad está en peligro. Tras derrotar a Godzilla en el film anterior (‪“Godzilla Against MechaGodzilla”‬, 2002), el gigantesco robot Kiryu ha quedado gravemente dañado y se encuentra en proceso de reparación. Mientras tanto, las diminutas gemelas de la Isla Infant (el hogar de Mothra) le revelan al veterano doctor Chujo una inesperada información: Kiryu ha sido construido con los huesos del Godzilla original, y el espíritu del monstruo no descansará hasta que sus restos regresen al fondo del mar. Godzilla no tarda mucho en reaparecer en Tokyo, donde se enfrentará primero a Mothra y más tarde a...